甲賀の中世城館群

国指定史跡 （甲賀郡中惣遺跡群)、市指定史跡 （和田城、滝川城、篠山城、梅垣城、上野城）、未指定（土山城、黒川氏城、下山城、 大原城)

滋賀県甲賀市

神君伊賀越え関連遺跡

県指定史跡 （小川城跡）、市指定史跡（多羅尾代官陣屋跡）

滋賀県甲賀市

水口岡山城跡

国指定史跡

滋賀県甲賀市

和田公方屋敷跡

市指定史跡

滋賀県甲賀市

油日神社の文化財群

国指定重文建造物（楼門・ 回廊・本殿）、国指定史跡 （境内地：甲賀郡中惣遺跡群） 、県選択無形民俗（油日神の懸仏群）

滋賀県甲賀市

甲賀衆結束の鎮守の杜

国登録文化財建造物（大鳥神社楼門、拝殿、中門他）、県指定文化財建造物（矢川神社楼門）、国指定史跡（境内地：甲賀郡中惣遺跡群）、国指定重文建造物（新宮神社表門）、未指定（柏木神社）、県指定文化財建造物（檜尾神社本殿）

滋賀県甲賀市

櫟野寺

国指定重文、県指定、市指定（彫刻）

滋賀県甲賀市

山伏の修練場

国指定重文（飯道神社本殿）、市指定史跡 （飯道神社、飯道山遺跡）、未指定（岩尾山息障寺、庚申山広徳寺）

滋賀県甲賀市

忍書

市指定書跡（萬川集海）、未指定（忍術應儀傳、渡辺家史料）

滋賀県甲賀市

甲賀忍術博物館 建物群

未指定（旧岡田家、旧望月家、旧藤林家）

滋賀県甲賀市

甲賀のくすり 関連資料 

未指定

滋賀県甲賀市

甲賀の前挽鋸

国指定重要有形民俗文化財

滋賀県甲賀市

伊賀の中世城館群と天正伊賀の乱激戦の城跡

県指定史跡 （福地城跡）、市指定史跡 （柏野城跡、竹島城跡、壬生野城跡）、未指定（雨乞山砦跡、百地砦跡）

三重県伊賀市

上野城跡（平楽寺跡）

国史跡

三重県伊賀市

霊山山頂遺跡

県指定史跡

三重県伊賀市

手力神社と手力の花火

未指定

三重県伊賀市

徳永寺

未指定

三重県伊賀市

修験道の寺 松本院

未指定

三重県伊賀市

壬生の地域の中世城館群と春日神社

県指定文化財（春日神社拝殿、雨乞願解大馬附相撲板番付）、市指定文化財（古文書、獅子神楽、伊賀国無足人帳）、未指定（長屋座）

三重県伊賀市

敢国神社

未指定

三重県伊賀市

伊賀流忍者博物館（伊賀流忍者屋敷）

未指定

三重県伊賀市

忍町（赤井家住宅）

国登録文化財

三重県伊賀市

藤林長門守墓所

市指定文化財

三重県伊賀市